Alla mikroorganismer är inte farliga, det finns många som är bra för oss människor också. De hjälper till att göra miljön otrevligt för sjukdomsframkallande bakterier, de gör att en del mat smakar bättre, eller får en längre hållbarhet. Detta uppnår mikroorganismerna genom att jäsa eller fermentera livsmedlet.

Toxoplasma är vanligt förekommande hos människa och djur i hela världen. Kött från får och svin anses vara de viktigaste smittkällorna. Denna encelliga parasit har katt som huvudvärd.
 

C. parvum och C. hominis är encelliga protozoer som orsakat mycket stora vattenburna utbrott i flera länder. Cryptosporidium är mycket motståndskraftig mot de flesta kemiska desinfektionsmedlen, bland annat klor.

Cyclospora cayetanensis är en encellig parasit som sprids troligen främst via förorenat vatten eller förorenade livsmedel (färsk frukt och grönsaker) runt om i världen.
 

Entamoeba histolytica är en encellig parasit, en amöba, som orsakar så kallad amöbadysenteri. Parasiten förekommer i Sverige och sprids huvudsakligen via vatten.

I Sverige är rapporterade fall av infektioner med parasiter från fisk ytterst sällsynta. Rundmaskarna spiralmask och torskmask tillhör familjen Anisakidae och är fiskparasiter som kan finnas i fisk från svenska vatten.
 

Fiskbinnikemasken (Diphyllobothrium latum) har fiskätande däggdjur, till exempel människa, hund, katt och björn, som huvudvärd. Larver av fiskbinnikemasken förkommer ofta i sötvattenfisk från sjöar och vattendrag, till exempel gädda, lake, abborre, gärs och i enstaka fall också i röding och öring.

Rå fisk kan innehålla parasiter som kan orsaka besvär hos människor, men i Sverige är rapporterade fall av infektioner med parasiter från fisk ytterst sällsynta. Arter av sugmaskar kan finnas främst i fiskar från Sydostasien. Importerad fryst fisk från dessa områden är dock ingen riskprodukt eftersom dessa parasiter är känsliga för frysning. 

Rävens dvärgbandmask, Echinococcus multilocularis, är ovanlig i Sverige men förekommer i stora delar av världen. I Europa är den vanligast i södra delarna av Centraleuropa samt Östeuropa och Baltikum. Det är ovanligt att människor smittas.

En parasit är en organism som lever i eller på en annan levande organism och tar sin näring från denna samtidigt som den orsakar skada.

Virus är mycket små, cirka tusen gånger mindre än en bakterie. De finns överallt omkring oss och är en vanlig orsak till att vi bli sjuka av mat. Det finns väldigt många olika typer av virus och de allra flesta är specialiserade på att infektera enbart en specifik art, till exempel människa.

Vibrio är ett släkte bakterier där flera olika sorters bakterier kan orsaka sjukdom. Vibriobakterier kan orsaka mild magsjuka men vissa stammar kan orsaka allvarligare kolera. Vibrio-bakterier lever naturligt i salta och varma vatten och är ovanliga i Sverige.

Shigella finns i tarmen och avföringen hos smittade människor samt i vattendrag som förorenats med avloppsvatten. Det behövs bara ett litet antal shigellabakterier för att orsaka sjukdom. De flesta som blir sjuka i Sverige har smittats utomlands.